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Betroffene der Natura-2000-Schutzgebietsausweisung kritisieren immer wieder, dass öffentliche Flächen im FFH-Gebiet Aller-Leinetal von der Schutzgebietsausweisung ausgenommen würden, die Fläche somit künstlich runtergerechnet würden. Dabei wird vor allem auf sogenannten Paragraf-30-Biotope verwiesen, die bereits nach deutschem Naturschutzrecht geschützt sind und im FFH-Gebiet liegen. Gegenüber der Böhme-Zeitung nennt die Landesregierung dazu auch Zahlen: Das Land besitzt demnach im FFH-Gebiet Aller-Leine-Tal auf dem Gebiet des Heidekreises circa 316 Hektar Naturschutzflächen, von denen rund 140 Hekar als Naturschutzgebiet gesichert werden sollen also weniger als die Hälfte. Der Landkreis selbst besitzt im FFH-Gebiet etwa 234 Hektar, von denen circa 101 Hektar, also 43 Prozent, als Naturschutzgebiet gesichert werden sollen.